Genoom­diagnostiek

Heranalyse (WES/WGS data)

Wanneer bij een aanvraag in eerste instantie alleen een exoompakket is aangevraagd, kan achteraf ook een ander exoompakket of een exoombrede analyse worden aangevraagd. Bestaande data wordt dan opnieuw geanalyseerd.
 
Sinds 2017 wordt  het uitvoeren van de heranalyse in rekening gebracht.
 
Bij een exoombrede (open-exoom) heranalyse dient er een klinisch geneticus betrokken te zijn bij de aanvraag, die schriftelijk ‘informed consent’ (toestemming na voorlichting) van de patiënt moet hebben, en dit bewaart.
 

Array/Exoom CNV analyse

Binnen onze afdeling worden jaarlijks 2500-3000 genoomwijde array onderzoeken ingezet voor de detectie van zowel kiembaan als verworven genomische afwijkingen (Copy Numbers Variants (CNVs) en Regions Of Homozygosity (ROHs)).

We hebben twee verschillende array platforms van Thermo Fisher ter beschikking:

De CytoScan HD array bevat meer dan 2,6 miljoen probes, inclusief 750.000 single nucleotide polymorphism (SNP) probes, en met deze array onderzoeken we het DNA van patiënten op CNVs en homozygote gebieden.

De CytoScan XON array bevat bijna 7 miljoen probes, inclusief 150.000 SNP probes, heeft uitstekende exon dekking en is zodoende uitermate geschikt voor de detectie van intragene CNVs, maar kan ook voor genoomwijde CNV analyse gebruikt worden. Indien nodig wordt ook DNA van de betreffende ouders onderzocht (een zogenaamde patiënt-ouder trio analyse).

Bij onder meer de volgende indicaties wordt de array ingezet:

• Multiple congenitale afwijkingen
• Verstandelijke beperkingen
• Screening middels ‘homozygosity mapping’
• Dragerschapsonderzoek bij gezond individu
• Validatie / segregatie van intragene CNVs (i.p.v. MLPA)
• Echoscopische afwijkingen (zie ook Prenatale diagnostiek)
• Intra-Uteriene Vruchtdoden (zie ook Prenatale diagnostiek)
• Hemato-oncologische afwijkingen (ALL, CLL, MM, MPN, MDS) (zie Tumorgenetica)

Via ons Elektronisch Aanvraag Systeem kunt u array diagnostiek aanvragen. Hierbij zijn ook de verzendinstructies en de verwachte uitslagtermijnen te vinden.
 
Het aanvragen van array diagnostiek bij hemato-oncologische aandoeningen (ALL, CLL, MM, MPN, MDS) kan via het laboratorium Tumorgenetica.

Genpanels

Deze genpanels worden uitgevoerd met behulp van single molecular Molecule Inversion Probes (smMIPs), eventueel in combinatie met Sanger sequencing en MLPA-analyse. Deze panels zijn in de regel ook aan te vragen op DNA geïsoleerd uit FFPE.
De volgende genpanels worden aangeboden:

• Aritmie (uitgevoerd door onze partner MUMC+)
• Borst- en ovariumkanker
• Cardiomyopathie (uitgevoerd door onze partner MUMC+)
• Lynch syndroom
• Maagkanker
• Nierkanker
• Neurofibromatose type 1 / Legiussyndroom (uitgevoerd door onze partner MUMC+)
• Paraganglioom
• Paraganglioom/pheochromocytoom
• Polyposis
• Pancreaskanker
• Somatisch overgroei syndroom (in samenwerking met pathologie)

Bij de aanvraag van het genpanel via ons elektronisch aanvraag systeem vindt u o.a. welke genen per genpanel worden getest, de verwachte uitslagtermijn en verzendinstructies.
Kijk hier voor de verschillende genpanels/exoompakketten die via WES worden aangeboden.

Genspecifiek onderzoek

Per gen wordt een gerichte test ingezet zodat het coderende gebied en de intron-exon grenzen volledig gedekt zijn. Afhankelijk van het gen zal indien nodig ook een MLPA-analyse worden verricht.
Via ons elektronisch aanvraagsysteem  kan bekeken worden of we een gerichte test aanbieden voor het gen van interesse, of dat het gen onderdeel is van een bestaand genpanel, welk materiaal voor de betreffende test ingestuurd moet worden en wat de verwachte uitslagtermijn is. Voor de in exoom onderzoek gevonden variant(en) waarvoor geen gerichte gentest beschikbaar is, bieden wij wel dragerschapsonderzoek aan voor de desbetreffende variant(en).
 

Dragerschapsonderzoek

Bij dragerschapsonderzoeken worden binnen de diagnostiek verschillende testen gebruikt. Veelal zal Sanger sequencing als test ingezet worden, maar ook o.a. single molecule Molecular Inversion Probes sequencing, fragment analyse, array onderzoek, chromosomenonderzoek, MLPA of deletie PCR.
De verwachte uitslagtermijn voor een dragerschapsonderzoek is vier weken.
 
Bij een prenataal dragerschapsonderzoek hanteren we andere uitslagtermijnen (zie prenatale diagnostiek). Bij een prenataal dragerschapsonderzoek bij gendefecten is het belangrijk ook materiaal van de moeder mee te sturen zodat maternale celcontaminatie kan worden uitgesloten.
 
Voor presymptomatisch dragerschapsonderzoek bij kinderen jonger dan 18 jaar is de betrokkenheid van een klinisch geneticus altijd vereist.
 
Middels ons aanvraagformulier  kunt u een dragerschapsonderzoek voor de desbetreffende genmutatie of chromosoomafwijking aanvragen.

Chromosomenonderzoek

Chromosomenonderzoek wordt bij verschillende indicaties ingezet onder meer bij:

• Herhaalde miskramen
• Verdenking op downsyndroom
• Abnormale geslachtelijke ontwikkeling, eventueel met verdenking op syndroom van Turner of Klinefelter
• Breuksyndromen zoals Nijmegen Breuk syndroom, syndroom van Bloom, Fanconi anemie, en ataxia telangiectasia.  (let op, i.v.m. noodzakelijke voorbereidingen bij chromosoombreukanalyse is vóór het insturen overleg nodig via het secretariaat (gen@radboudumc.nl)
• Dragerschapsonderzoek bij een familie-bekende chromosoomafwijking.
• Echoscopische afwijkingen (bijv. verdenking op triploïdie, edwardssyndroom, patausyndroom, downsyndroom)
• Hemato-oncologische aandoeningen (let op, aanvragen hiervoor gaan via het laboratorium Tumorgenetica)

 
Onder chromosomenonderzoek valt ook quantitative fluorescent PCR (QF-PCR) om numerieke afwijkingen te bepalen voor de chromosomen 13/18/21/X/Y.

FISH

Met behulp van een grote database aan FISH-probes voeren wij gericht chromosomenonderzoek uit ter identificatie van chromosomale afwijkingen. FISH kan worden verricht op delende cellen  (verkregen uit o.a. heparine-bloed, vruchtwater, vlokken of huidbiopt), ook wel metaphase-FISH genoemd. FISH is ook mogelijk op niet delende cellen (bijvoorbeeld verkregen uit wangslijmvlies), ook wel interphase-FISH genoemd. Onderzoek op delende cellen wordt geprefereerd.
 
FISH wordt binnen de genoomdiagnostiek bij verschillende indicaties gebruikt. Zo kan FISH onder meer worden verricht:
 

• Bij een familiebekende chromosomale translocatie
• Als aanvulling ter bevestiging/uitsluiting van numerieke dan wel structurele chromosomale afwijkingen gevonden bij Array analyse of karyotypering
• Bij verdenking op (laag) mozaïeke (geslachts) chromosomale afwijkingen (zoals Turner en Klinefelter syndroom)

 
De verwachte uitslagtermijn voor FISH-onderzoeken is 2-5 weken. In het geval dat een probe niet in onze database aanwezig is (dit geldt met name voor zeldzame (unieke) afwijkingen), zal de uitslagtermijn langer zijn.  

NIPT

De Niet Invasieve Prenatale Test (NIPT) kan worden aangevraagd bij onze samenwerkingspartner het Clinical Genomics laboratorium van het MUMC+. te Maastricht.
Meer informatie over de NIPT is o.a. te vinden via het RIVM

Prenatale diagnostiek

Enkele ziekenhuizen in de regio Nijmegen werken intensief samen op het gebied van prenatale screening, diagnostiek en therapie. Zij vormen het Netwerk Prenatale Diagnostiek Nijmegen (NPDN). Deze regionale samenwerking in Zuid-Oost Nederland biedt prenatale diagnostiek op een hoog niveau en bundelt kennistoepassing, kennisoverdracht en kennisontwikkeling. Het centrum van het netwerk is het Radboudumc. De andere ziekenhuizen zijn de zogenaamde ‘satellieten’. Het Radboudumc verricht de vlokken- en vruchtwaterpuncties en alle laboratoriumdiagnostiek. De volgende ziekenhuizen maken deel uit van de NPDN:

• Arnhem, Ziekenhuis Rijnstate
• Den Bosch, Jeroen Bosch Ziekenhuis
• Ede, Ziekenhuis Gelderse Vallei
• Enschede, Medisch Spectrum Twente 
• Nijmegen, Radboudumc
• Tilburg, St. Elisabeth ziekenhuis
• Tilburg, Tweesteden ziekenhuis

De aanvraagformulieren zijn niet online beschikbaar.

Invasief prenataal testen

Invasieve prenatale testen worden verricht op chorionvilli (vlokkentest) of vruchtwater (vruchtwaterpunctie).

Indicaties invasieve diagnostiek
Hieronder volgt een lijst met indicaties voor het uitvoeren van een vruchtwaterpunctie of vlokkentest: 

• Zwangeren met een afwijkende Niet-Invasieve Prenatale Test (NIPT).
• Zwangeren die reeds een kind met een chromosoomafwijking hebben (gehad).
• (Aanstaande) ouders, van wie één van de partners drager is van een chromosoomafwijking.
• Zwangeren bij wie door middel van echoscopisch onderzoek aanwijzingen zijn gevonden voor (multipele) congenitale afwijking(en) of andere echoscopische afwijkingen.
• Zwangeren met een verhoogd risico op een kind met een autosomaal dominant, autosomaal recessief, geslachtschromosomaal of mitochondrieel overervende aandoening.
• Zwangeren die eerder een kind met een aangeboren afwijking hebben (gehad) en bij wie de kans op een chromosomale afwijking verhoogd is.
• Zwangeren, bij wie op een andere erkende indicatie al of chorionvilli of vruchtwater is afgenomen en bij wie dus de mogelijkheid bestaat om onderzoek te doen naar chromosoomafwijkingen zonder dat er nog een aparte ingreep gedaan hoeft te worden om foetaal materiaal te verkrijgen.

Uitslagtermijnen (ingaande vanaf ontvangst materiaal)

• Vlokkentest, numerieke afwijkingen chromosomen 13/18/21/X/Y (QF-PCR test): 24–72 uur
• Vlokkentest, volledige karyotypering: 10 dagen
• Vruchtwaterpunctie, numerieke afwijkingen chromosomen 13/18/21/X/Y (QF-PCR test): 
• 24–72 uur
• Vruchtwaterpunctie, volledige karyotypering: binnen 3 weken
• Vlokkentest en vruchtwaterpunctie, CNV analyse: binnen 3 weken
• Prenataal DNA onderzoek verricht wegens een verhoogd risico op een autosomaal dominant, autosomaal recessief, geslachtsgebonden of mitochondrieel overervende aandoening: 2-3 weken
• Exoomsequencing op prenataal materiaal (rapid exome, SNV en CNV analyse): binnen 3 weken.
   

Tumorgenetica

Laboratorium Tumorgenetica (LTG)

Het Laboratorium Tumorgenetica (LTG)  verzorgt moleculaire diagnostiek op het gebied van de oncologie. De diagnostiek is gericht op het detecteren van kiembaanmutaties, die leiden tot de genetische aanleg voor het ontwikkelen van een bepaald type tumor, of op het detecteren van verworven tumorspecifieke veranderingen, die van belang zijn voor de differentiaal diagnostiek, prognostiek of voorspelling van de therapierespons.
 
Aanvragen m.b.t. tot erfelijke tumoren (kiembaanmutaties) kunnen ingediend worden via het aanvraagsysteem genoomdiagnostiek. Bij het intypen van de gewenste test (bijv. desbetreffende gen-naam) wordt meer informatie verstrekt over de verwachte uitslagtermijn, verzendinstructies en of het gen eventueel in een genpanel voorkomt.
 
Aanvragen m.b.t. tot verworven tumoren zoals hemato-oncologische aandoeningen kunnen ingediend worden via laboratorium Tumorgenetica

Het laboratorium Tumorgenetica staat onder leiding van prof. dr. Marjolijn Ligtenberg.



 

Verstandelijke Beperking & Aangeboren Aandoeningen

Binnen de groep Verstandelijke Beperking & Aangeboren Aandoeningen wordt met behulp van genoomwijde testen enerzijds en gerichte analyse anderzijds onderzoek verricht naar de genetische oorzaak van het klinische beeld bij patiënten met een verstandelijke beperking en/of aangeboren afwijkingen of een endocrinologische aandoening. Dit betreft patiënten van alle leeftijden, van pasgeborenen tot ouderen, en met diverse klinische vraagstellingen.
 
Naast de genoomwijde SNP-based array onderzoeken voor het opsporen van oorzakelijke CNVs (copy number variants) wordt er bij patiënten voornamelijk exoom onderzoek verricht om middels zogenaamde patiënt-ouder trio analyses de novo mutaties te detecteren, of de oorzaak te achterhalen van recessief overervende en X-chromosomale aandoeningen. Het vaststellen van de oorzaak van een genetische aandoening is van groot belang voor gezinnen en families bij wie sprake is van een verhoogd herhalingsrisico. Dit betreft naast de recessief overervende en X-chromosomale aandoeningen ook de gezinnen bij wie één van de ouders drager blijkt te zijn van een gebalanceerde chromosoomafwijking, een mozaïek afwijking of waarin de genetische afwijking ten gevolge van een imprinting effect variërende klinische consequenties kan geven. Door het achterhalen van het onderliggende mechanisme van de oorzakelijke genomische afwijking(en) kunnen de betrokkenen beter gecounseld worden en is het herhalingsrisico nauwkeuriger te bepalen.
Ons team is in het bijzonder gespecialiseerd in genetische oorzaken van verstandelijke beperking (Dr. R. Pfundt en Dr. N. de Leeuw), craniofaciale afwijkingen (Dr. R. Pfundt) en endocrinologische aandoeningen (Dr. T. Rinne).
 
De groep Verstandelijke Beperking & Aangeboren Aandoeningen staat onder leiding van Dr. Nicole de Leeuw.
 

Musculaire-, neurologische-, nierziekten en sensorische ziekten

Spierziekten

Onder de spierziekten vallen de aandoeningen aan de spieren (atrofie, dystrofie, myopathie, myotonie, en zwakte) en de neuromusculaire overgang (o.a. myasthene syndromen). Diagnostisch onderzoek zal meestal bestaan uit de combinatie van exoomsequencing en een analyse van de genen betrokken bij spierziekten. In het geval van herkenbare spierziekten, met weinig locus heterogeniteit, is gerichte genanalyse mogelijk. Ook spierziekte veroorzaakt door repeatexpansies (zoals myotone dystrofie) zal gericht worden uitgevoerd.
 

Neurologische aandoeningen

Diagnostisch onderzoek is met name gericht op cerebellaire ataxie, spastische paraplegie, dystonie en epilepsie. Diagnostisch onderzoek zal meestal bestaan uit de combinatie van exoomsequencing en een analyse van de genen betrokken bij bewegingsstoornissen. In het geval van herkenbare neurologische aandoeningen, met weinig locus heterogeniteit, is gerichte genanalyse mogelijk. Ook ziektebeelden veroorzaakt door repeatexpansies (zoals de dominante SCA’s) zal gericht worden uitgevoerd.
Wetenschappelijk onderzoek naar cerebellaire ataxie, spastische paraplegie en dystonie wordt uitgevoerd binnen het expertisecentrum voor bewegingsstoornissen.
Onderzoek naar verstandelijke beperking is als een apart onderzoeksgebied vermeld.
 

Slechthorendheid

Erfelijke doofheid of slechthorendheid kan aangeboren zijn of op latere leeftijd ontstaan. Bovendien kan er onderscheid gemaakt worden tussen perceptieve (of sensorineurale) doofheid (veroorzaakt door een probleem met het binnenoor, de gehoorzenuw en/of delen van de hersenen) en conductieve (of geleidings-) doofheid (veroorzaakt door een probeem met het buitenoor en/of middenoor). Een combinatie van perceptieve en conductieve dooheid kan ook voorkomen. Soms is er sprak van een syndroom, waarbij naast de slechthorendheid ook andere gezondheidsproblemen voorkomen. Het syndroom van Usher is het  bekendste voorbeeld.
Diagnostisch onderzoek zal meestal bestaan uit exoomsequencing, eventueel voorafgegaan door analyse van een enkel gen dat relatief vaak gemuteerd is bij het ziektebeeld van de betreffende patiënt (bijv. GJB2 bij congenitale slechthorendheid). 
Wetenschappelijk onderzoek naar erfelijke slechthorendheid wordt uitgevoerd in een samenwerking met het expertisecentrum “Hearing and Genes”.

 

Erfelijke metabole en mitochondriële ziekten

Wij bieden een groot aantal genetische testen aan voor de diagnostiek van metabole en mitochondriële ziekten. Daarnaast hebben wij een uitgebreid pakket van functionele testen die kan worden ingezet voorafgaand aan genetische diagnostiek, maar ook voor nader functioneel onderzoek van onbekende genetische varianten..

• Meer informatie over metabole diagnostiek
• Meer informatie over mitochondriële ziekten

 
 

Translational genomics

Om nieuwe inzichten snel naar de klinische en diagnostische praktijk te vertalen hebben we binnen de genoomdiagnostiek een thema “translational genomics”. Binnen dit thema wordt niet alleen gekeken of de technologie of nieuwe strategie werkt, maar wordt deze geoptimaliseerd voor routinetoepassingen. Ook wordt bepaald wat de winst is in vergelijking met de traditionele methodes op het gebied van het diagnostisch succes, de zorgkosten, en patiënttevredenheid.

De groep Translational Genomics staat onder leiding van Prof. dr. Lisenka Vissers.

Bioinformatica

Binnen de Bioinformatica groep zijn verschillende expertises aanwezig zoals: datamanagement, software-ontwikkeling en -ontwerp, automatisering, serverbeheer en statistische methoden.
Zij verzorgen onder andere de volgende routine analyses:
 

• Analyse van whole exome sequencing (WES) data voor de diagnostiek (alignment, variant calling, de novo mutatie detectie, CNV detectie, annotatie en kwaliteits controle)
• Analyse van Molecular Inversion Probe (MIP) data (alignment, variant calling, CNV detectie, annotatie en kwaliteits controle)
• Analyse van Whole genome sequencing (WGS) data (alignment, variant calling, de novo mutatie detective)
• Ondersteuning voor microarray diagnostiek  

Daarnaast ontwikkelt de Bioinformatica groep ook nieuwe analyses zoals:

• Analyse van lange read technologieën (Pacific Biosciences Sequel technologie)
• Analyse van RNA-sequencing (transcriptome) data
• Analyse van data van metabolomics experimenten  

Ook faciliteert de Bioinformatica onderzoek ten behoeve van de patiëntendiagnostiek. Zie onder andere Lelieveld et al. Nature Neurosci (2016).
 
De groep Bioinformatica staat onder leiding van Dr. Christian Gilissen.
 

Bloed

Voor DNA-onderzoek (exoom, genpanel, genspecifiek, array):

• 2 x EDTA-bloed (3-6ml kunststof buis (paarse dop))
• Bij neonaten minimaal 1-2 ml
• Bij navelstrengbloed ook bloed van moeder meezenden 
• Géén epjes, cupjes of buizen met gel!
• Bewaren: voorkeur 4°C, anders kamertemperatuur, echter NOOIT invriezen of op ijs

 
Voor Chromosomenonderzoek (karyotypering en FISH):

• Minimal 5 ml bloed in natrium- of lithium-heparine kunststof buis (groene dop),
• Bij neonaten minimaal 1-2 ml
• Géén epjes, cupjes of buizen met gel!
• Bewaren: voorkeur 4°C, anders kamertemperatuur, echter NOOIT invriezen of op ijs

 
Voor RNA-onderzoek: altijd in overleg via gen@radboudumc.nl

• Minimaal 5 ml bloed in natrium- of lithium-heparine kunststof buis (groene dop).
• Géén epjes, cupjes of buizen met gel!
• Bewaren: ALTIJD op kamertemperatuur
• Na afname met “SPOED” versturen

 
Afname-instructies

• Direct na afname bloedbuizen 8-10x zwenken (om bloed met EDTA/Natrium/Lithium te mengen)
• Geen bloed inzenden wanneer patiënt een beenmergtransplantatie heeft ondergaan
• Géén epjes, cupjes of buizen met gel!
• Bewaren: voorkeur 4°C, anders kamertemperatuur, echter NOOIT invriezen of op ijs
• Voor RNA-onderzoek ALTIJD op kamertemperatuur bewaren
• Overtollige bloedbuizen worden niet opgeslagen!

 
Verzendinstructies

• Duidelijk op elke buis vermelden: naam, geslacht en geboortedatum
• Verzenden bij kamertemperatuur in een verpakking voorzien van absorptievel, blister en safetybag.
• Voeg aanvraagformulier toe
• Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd

Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED”op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

DNA

Wij hebben voorkeur voor EDTA-bloed van de patiënt boven zijn/haar DNA geïsoleerd door een ander lab. Onze workflow en testen werken het meest optimaal wanneer wij zelf het DNA isoleren uit EDTA-bloed. Indien het toezenden van EDTA-bloed niet tot de mogelijkheden behoort en DNA wel, graag de onderstaande hoeveelheden aanhouden. Bij twijfel, graag overleg.
 
 

 
Verzendinstructies

• Duidelijk op elke ep/buis vermelden: naam, geslacht en geboortedatum
• Verzenden bij kamertemperatuur en eventueel in verzendmateriaal dat wij u hebben toegestuurd (zoals verzend-etui). Graag sample in een plastic reageerbuis plaatsen.
• Voeg aanvraagformulier toe
• Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd

Ons afleveradres:

Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED” op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

 
 

Vruchtwater/Vlokken (amnion/chorion)

Voor QF-PCR onderzoek:

• 25 mg vlokken of 20 ml vruchtwater 
• Bewaren: Vlokken en amnion ALTIJD op kamertemperatuur bewaren,  NOOIT op +4°C, ijs of vriezer
• Direct op kamertemperatuur verzenden per koerier

 
Voor QF-PCR en Array analyse:

• 25 mg vlokken of 20 ml vruchtwater
• Per ouder 1 x 5-10ml bloed EDTA in kunststof buizen (paarse dop)
• Bewaren: Vlokken en amnion ALTIJD op kamertemperatuur bewaren,  NOOIT op +4°C, ijs of vriezer
• Direct op kamertemperatuur verzenden per koerier

 
Voor Chromosomenonderzoek (karyotypering in-/exclusief FISH):

• 25 mg vlokken of 20 ml vruchtwater
• Bewaren: Vlokken en amnion ALTIJD op kamertemperatuur bewaren, NOOIT op +4°C, ijs of vriezer
• Direct op kamertemperatuur verzenden per koerier

 
Voor DNA-onderzoek (WES, genpanel of genspecifiek):

• Uitsluitend met tussenkomst van een klinisch geneticus!
• 25 mg vlokken of 20 ml vruchtwater  (bij voorkeur vlokken aanleveren)
• Van patiënte 1 x 5-10ml bloed EDTA  in kunststof buizen (paarse dop) voor uitsluiten van maternale contaminatie (op aangeven van de klinisch geneticus)
• Bewaren: Vlokken en amnion ALTIJD op kamertemperatuur bewaren, NOOIT op +4°C, ijs of vriezer
• Direct op kamertemperatuur verzenden per koerier

 
Voor QF-PCR en DNA-onderzoek (WES, genpanel of genspecifiek):

• Uitsluitend met tussenkomst van een klinisch geneticus!
• 40 - 50 mg vlokken of 30 - 40 ml vruchtwater afhankelijk van indicatie (gen) (bij voorkeur vlokken aanleveren)
• Van patiënte 1 x 5-10ml bloed EDTA  in kunststof buizen (paarse dop) voor uitsluiten van maternale contaminatie (op aangeven van de klinisch geneticus)
• Bewaren: Vlokken en amnion ALTIJD op kamertemperatuur bewaren, NOOIT op +4°C, ijs of vriezer
• Direct op kamertemperatuur verzenden per koerier

 
Afname-instructies

• I.v.m. de verwerking van vlokken gelieve geen vlokken aanleveren op vrijdag
• Na afname van materiaal met koerier versturen zodat het materiaal dezelfde dag verwerkt  kan worden
• Vlokken na afname opvangen in opvangmedium, wassen met steriel medium (bijv PBS), maternale contaminatie verwijderen en in verzendmedium versturen
• Vruchtwater opvangen in 2 (15 ml) buizen
• Bewaren: Vlokken en amnion ALTIJD op kamertemperatuur bewaren, NOOIT op +4°C, ijs of vriezer
• Opvang- en verzendmedium en andere benodigdheden zijn door onze satellieten van het Netwerk Prenatale Diagnostiek Nijmegen (NPDN) op te vragen bij ons thema F&Z per telefoon 024-3614659
• Indien van toepassing (bij array)
• Direct na afname eventuele bloedbuizen 8-10x zwenken (om bloed met   EDTA/Natrium/Lithium te mengen)
• Geen bloed inzenden wanneer patiënt een beenmergtransplantatie heeft ondergaan
• Geen bloed inzenden na recente bloedtransfusie (minimaal 8 weken)

 
 
 
Verzendinstructies

• Duidelijk op elke buis vermelden: naam, geslacht en geboortedatum en evt. foetusnummer bij een gemelli zwangerschap
• Verzenden bij kamertemperatuur en eventueel in verzendmateriaal dat wij u hebben toegestuurd (zoals verzend-etui, transportkoffers)
• Voeg aanvraagformulier/astraiaformulier toe.
• Indien er bloed bij patiënte en partner is geprikt voor evt. arrayonderzoek hier ook het aanvraagformulier van toevoegen.
• Na afname van materiaal per koerier versturen zodat het materiaal dezelfde dag verwerkt kan worden
• Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd

Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Gezien het spoedbepalingen betreft:

• Altijd aankondigen bij secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED”op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

Huidbiopt

Huidbiopten dienen verzonden te worden in opvangbuizen met verzendmedium (zie foto), deze zijn op te vragen via gen@radboudumc.nl . Indien opvangbuizen op locatie niet (meer) voorhanden zijn, kan in noodgevallen een potje met een steriele fysiologische zoutoplossing gebruikt worden.
Voor het afnemen van een huidbiopt bij IUVD/TOP, zie instructies onder IUVD/TOP.
 
Afname-instructies

• Reinig de huid met alcohol 70% (NOOIT MET JODIUM)
• Gebruik voor locale anesthesie chloorethyl (spuitbus) of 1% lidocaïnehydrochloride-oplossing
• Met huidtrepaan een huidstans maken (ø ≥ 3 mm; van voldoende dikte i.v.m. vitale cellen)
• Met pincet biopt vastnemen en met steriele schaar / mesje afknippen / afsnijden
• Biopt overbrengen in een container met steriel opvangmedium, iedere biopt in een afzonderlijke opvangcontainer opvangen
• Vermeld naam, geslacht, geboortedatum op potje en bijbehorend aanvraagformulier
• Indien buiten reguliere laboratoriumwerktijden een biopt moet worden afgenomen, het materiaal bewaren in de koelkast bij +4°C (NOOIT IN DIEPVRIES OF OP IJS)

 
Verzendinstructies

• Huidbiopten verzenden op kamertemperatuur in verzendmedium
• Duidelijk op het potje vermelden: naam, geslacht en geboortedatum
• Voeg aanvraagformulier toe
• Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd

Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl 
• Duidelijk “SPOED” op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

Wangslijmvlies

Wangslijmvlies kan worden gebruikt voor onder meer FISH, Array analyse, of genspecifiek onderzoek. Wangslijmvlies wordt gebruikt wanneer het afnemen van bloed niet tot een optie behoort, of bij bepaalde indicaties waarbij een ander weefsel dan bloed gewenst is (zoals verdenking op een mozaïek).
 
Swabs (merk: COPAN) voor het opnemen van wangslijmvlies zijn op te vragen via gen@radboudumc.nl .
 
Afname-instructies

• Per patiënt 2 swabs gebruiken (1 per wang)
• Graag 1 uur voor afname de patiënt niet laten eten of drinken, vermijd hierbij vooral het drinken van koffie
• Spoel de mond voor de afname 2 keer met water
• Schraap de swab uitvoerig (ongeveer 20 keer) met een draaiende beweging over de binnenkant van de gehele wang
• Gebruik 1 swab per wang
• Plaats de swab terug in het kokertje
• Voorzie de koker van patiëntgegevens

 
Verzendinstructies

• Swabs verzenden op kamertemperatuur in de bijbehorende kokers
• Duidelijk op de koker vermelden: naam, geslacht en geboortedatum
• Voeg aanvraagformulier toe
• Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd

Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED” op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

IUVD/TOP

Bij een IUVD of TOP is het insturen van een huidbiopt EN een navelstrengbiopt noodzakelijk. Geen volledige foetus insturen. Placenta- en curettage materiaal is niet gewenst i.v.m. maternale cel contaminatie. Beide biopten dienen separaat te worden opgevangen in een opvangcontainer met verzendmedium.
 
Opvangcontainers met verzendmedium (zie foto) zijn op te vragen via gen@radboudumc.nl / 024-3613799. In noodgevallen kunnen biopten opgenomen worden in een steriele fysiologische zoutoplossing.
 
Bij een IUVD wordt eerst een QF-PCR ingezet, vervolgd door een Array analyse indien de QF-PCR normaal is en er afwijkingen aan de foetus zijn gezien of op speciaal verzoek na overleg met de klinische genetica.
Bij een TOP wordt altijd een QF-PCR ingezet, gevolgd door een Array analyse indien de QF-PCR normaal is.
 
Afname-instructies

• Huidbiopt: Ø minimaal 6mm en voldoende dikte (desinfecteren met 70% alcohol, nooit met jodium)
• EN een navelstrengbiopt: lengte 4 cm
• GEEN placenta en curettage materiaal i.v.m. maternale cel contaminatie
• Gebruik voor ieder biopt een aparte steriele opvangcontainer met verzendmedium (zie foto)
• Maak gebruik van steriele pincetten/schaartjes/mesjes en werk zo steriel mogelijk
• Bewaren: op +4°C graden, NOOIT invriezen of op ijs
• Duidelijk op de buizen vermelden:   "foetus van” + achternaammoeder EN                 geboortedatum van moeder

 
Verzendinstructies
Beide biopten verzenden op kamertemperatuur
Vermeld op aanvraagformulier altijd:         

• IUVD of TOP
• zwangerschapstermijn
• geslacht van foetus (M/V/onduidelijk) 
• overlijdensdatum foetus
• eventuele kliniek
• achternaam en geboortedatum moeder

Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd
 
Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED” op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

 
 
 

Beenmerg

Materialen dienen op dezelfde dag per koerier (bij kamertemperatuur) verzonden te worden.
 
Voor verdere verzend en afname instructies van beenmerg zie pagina 4 en 5 van de informatiefolder of de pagina het laboratorium Tumorgenetica.

FFPE

Voeg Palga-verslag of PA rapport voor het opvragen van weefsel toe aan de (papieren) aanvraag. Vervolgens zal het FFPE-materiaal door ons laboratorium worden opgevraagd.

Wij geven de voorkeur aan het zelf isoleren van het DNA omdat we dan een constantere kwaliteit hebben en, indien van toepassing, het tumorcelpercentage beter kunnen inschatten. We accepteren alleen weefsel van MAXIMAAL 20 jaar oud voor zowel panel- gen-, als gerichte analyse. Weefsel dat in het MUMC+ (Maastricht) is opgeslagen moet van 2004 of later zijn. Dit laatste is in verband met de kosten die verbonden zijn aan het opvragen van ouder materiaal uit dit centrum. 

 N.b. DNA onderzoek op FFPE-materiaal vanwege een erfelijkheidsvraagstelling is aan te vragen via deze link. Via het laboratorium Tumorgenetica is diagnostiek aan te vragen voor de analyse van verworven mutaties in het kader van therapie, prognose of clonaliteitsanalyse.

Cellijnen

Verzendinstructies

• Bij voorkeur cellijnen in het begin van de week verzenden
• Vitale cellen kunnen worden verzonden in een T25 kweekvaatje
• Cellen graag opkweken totdat het T25 kweekvaatje bijna volgroeid is
• Voor verzending het medium verversen
• De dop goed dichtdraaien en met parafilm afsluiten om lekken te voorkomen
• Duidelijk vermelden om wat voor type cellen het gaat (bijv. amnioncyten, of huidfibroblasten)
• Duidelijk op het kweekvaatje vermelden: naam, geslacht en geboortedatum
• Monsters die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd
• Voeg aanvraagformulier toe

Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED” op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

 
 

Plasma

In plasma bevindt zich cell free DNA (cfDNA). CfDNA kan gebruikt worden voor testen zoals de NIPT en bepalingen voor circulating tumor DNA. Om de kwaliteit van cfDNA te waarborgen dient bloed afgenomen te worden in speciale bloedbuizen, welke in overleg via gen@radboudumc.nl op te vragen zijn.
 
N.b. alle aanvragen omtrent de NIPT dienen via onze samenwerkingspartners van het MUMC+ te gebeuren.
 
Indien reeds plasma is afgedraaid/geïsoleerd dient plasma opgeslagen te worden bij -80C en verzonden te worden op droogijs.
 
Afname-instructies

• Gebruik speciale bloedbuizen die bestemd zijn voor plasma /cell free DNA isolatie zoals Streck, Paxgene of Roche-buizen (zie foto)
• Belangrijk! de buizen dienen goed gevuld te zijn
• Belangrijk! direct na afname bloedbuizen 8-10x zwenken
• Geen bloed inzenden wanneer patiënt een beenmergtransplantatie heeft ondergaan
• Geen bloed inzenden na recente bloedtransfusie (minimaal 8 weken)
• ALTIJD op kamertemperatuur bewaren en verzenden
• Buizen NOOIT in diepvries, koelkast of op ijs bewaren

 
Verzendinstructies

• Duidelijk op elke buis vermelden: naam, geslacht en geboortedatum
• Verzenden bij kamertemperatuur en eventueel in verzendmateriaal dat wij u hebben toegestuurd (zoals verzend-etui)
• Voeg aanvraagformulier toe
• Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd

Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen


Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED”op de envelop en het aanvraagformulier vermelden 
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815

Urine

Urine kan gebruikt worden voor sequentie-analyse van het gehele mitochondriële DNA (mtDNA) of bij gerichte analyse van een familiaire afwijking in het mtDNA. Urine wordt gebruikt bij een bepaalde indicatie waarbij een ander weefsel dan bloed gewenst is.

Het is van belang dat er voldoende (minimaal 50 ml) urine opgestuurd wordt

Afname instructies

• ’s Ochtend de eerste urine opvangen in een daarvoor bestemde container
• Na afname bewaren bij 4°C, echter NOOIT invriezen!

Verzendinstructies

• Duidelijk op de container vermelden: naam, geslacht en geboortedatum
• 50-100 ml ochtendurine verzenden bij 4°C, met een cool pack (NIET op droogijs!)
• Voeg aanvraagformulier toe
• Monsters en aanvraagformulieren die niet voorzien zijn van deugdelijke informatie worden geweigerd

Ons afleveradres:
Radboudumc
Genoomdiagnostiek, route 815
Ingang centraal
Geert Grooteplein 10, 6525 GA Nijmegen

Bij spoedbepalingen:

• Altijd in overleg met secretariaat via e-mail: gen@radboudumc.nl
• Duidelijk “SPOED” op de envelop en het aanvraagformulier vermelden
• Eventueel per koerier laten verzenden en laten afleveren bij monsterontvangst route 815